エネボスは二重窓を考慮できます。

「設定」メニューで「窓設定」（熱貫流率（U値））、または「窓ガラス設定」（日射熱取得率（η値））を選択してください。
表示したダイアログに「二重窓追加」というボタンがありますので、このボタンをクリックして外気側と室内側の窓などを設定してください。
これで窓部位で登録した二重窓を選択すると、二重窓の計算を行います。